El 16 de marzo, Bryant anotó 65 puntos en casa ante Portland Trail Blazers, la segunda mejor anotación en su carrera, que ayudó a dar por finalizada la racha de siete partidos consecutivos perdidos. Un mes después anotó 45 puntos, por entonces récord personal, en la derrota ante Philadelphia 76ers, y en marzo de 2006 firmó 33 puntos frente a Memphis Grizzlies, llegando hasta los 5.000 puntos en su carrera. En una derrota de visitante ante los Lakers por 89-117, Lin anotó su mejor marca personal de su carrera (de ese entonces) con 13 puntos en 18 minutos tras haber anotado solo 7 en total en sus primeros seis juegos. El 8 de noviembre en Toronto, los Raptors tuvieron la Noche de la Herencia Asiática para que coincidiera con la visita de Lin y los Warriors. Lin contó con pocos minutos de juego durante la temporada debido a que los Warriors contaban con dos armadores dominantes, Curry y Monta Ellis, quienes fueron estelares para el equipo.
Los Warriors organizaron una conferencia de prensa para Lin tras su fichaje, con la presencia de medios nacionales. Smart vio que Lin tenía habilidad para llegar a la zona pintada pero que necesitaba aprender a pasar el balón porque, a su entender, Lin «no podía lanzar al aro para nada». Pese a que cometía muchas faltas ofensivas, Musselman consideraba a Lin tan bueno como Gilbert Arenas en las jugadas de dribble drive (botar el balón en tráfico), una habilidad que «uno no puede enseñar». El público había empezado a pedir por él en el tercer cuarto y lo aclamaba cada vez que tocaba el balón. Lacob comentó que el equipo recibió más de una oferta de traspaso por Lin mientras se encontraba con los Bighorns, pero él estaba satisfecho con su progreso como jugador de primer año no seleccionado en el Draft. 500 000 con más de la mitad de él garantizado.
Al final de la temporada, registró un total de 36 partidos jugados, con unas medias de 14.5 ppg y 5.1 apg. Al momento, firmó con los Toronto Raptors hasta final de temporada, uniéndose a un equipo favorito por primera vez en su carrera. El 24 de diciembre, antes del inicio de la temporada, los Rockets cortaron a Lin para liberar espacio en la plantilla y así contratar al pívot Samuel Dalembert. Pese a que Wall recibió la mayor ovación en las presentaciones de los jugadores, el público cambió de bando y acabó alentando a Lin para el final del juego.
«Cuando juego de visitante, no siento que el reflector esté sobre mí», admitió Lin. Kerry Keating, el asistente de UCLA que ofreció a Lin la oportunidad de entrar al equipo sin ser reclutado, señaló en retrospectiva que Lin probablemente hubiera terminado siendo base titular para UCLA. Fue nombrado Jugador de la Semana en la Conferencia Este con unos promedios de 27,3 puntos, 8,3 asistencias y 2,0 robos en las cuatro victorias que comenzó en el equipo titular. Lin, notando las expectativas que había por él, advirtió «No seré un All-Star este año». Elegido para jugar el All-Star Game de la NBA de 2006, en Denver.
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